Zásady ochrany práv na MUNI a podání směřující k ochraně práv řeší na MUNI pracoviště celouniverzitní ochrany práv.
Dne 1. dubna 2023 vzniklo na MUNI pracoviště celouniverzitní ochrany práv. Zajišťuje, aby práva na MUNI byla chráněna účinně, nestranně a efektivně a aby byla zajištěna dostupná pomoc, jakož i ochrana oznamovatelů a obětí zásahů do těchto práv, stejně tak osob, vůči nimž oznámení směřuje.